Военные суды как правовой институт применения законов, как гарант соблюдения конституционных прав военнослужащих должны выполнять следующие функции: правового контроля за деятельностью органов военного управления и воинских должностных лиц; гармонизации интересов военнослужащих, воинских коллективов, вооруженных сил и государства в целом; оптимизации ограничительных норм и допущений, которыми пользуются военнослужащие; регулирования деятельности военнослужащих, воинских частей, государственных органов и органов местного самоуправления через призму судебных решений, вступивших в законную силу; выработки проектов нормативных правовых актов на основе судебной практики.
Судьи военных судов, обладая единым статусом, являясь полноправными носителями государственной власти, принимают решения самостоятельно, подчиняясь только Конституции Российской Федерации и федеральным законам. В своей деятельности по осуществлению правосудия они подчиняются только закону. Данное положение представителей судебной власти делает их независимыми при принятии решения по конкретным делам.